GeoMx Digital Spatial Profiler
Flexbile & Scalable Platform for Spatial Biology
Molecular profiling technology는 high-plex의 유전자 및 protein 발현량을 정량 분석할 수 있고, Imaging technology는 조직 세포의 위치와 형태학적 특징 등의 정보를 제공합니다.
GeoMx DSP는 조직 샘플을 파괴하지 않고, 조직을 이루는 특정한 cell types에 대하여 유전자 및 protein의 발현량을 분석하는 spatial biology platform 입니다. 조직 세포의 공간적 정보와 함께 최대 whole transcriptome 유전자 및 570개 이상의 protein 발현량 정보를 동시에 제공하여, 새로운 생물학적 통찰력을 얻을 수 있습니다.
Features
: 한대의 장비에서 Whole Transcriptome RNA / 570+ Proteins 의 분석 가능
: 동일 슬라이드에서 RNA와 protein 동시 분석 가능 (Proteogenomics)
: 동일한 cell types별로 정확하게 ROI / AOI 분획하여 homogeneous 데이터 획득 가능
: Whole tissue sections, Fresh Frozen, Core Needle Biopsy, FFPE, Tissue microarrays (TMA), Organoids 등
슬라이드에 올릴 수 있는 대부분의 모든 샘플 적용 가능
RNA/protein assay probes 와 최대 4개의 형광 morphology markers를 사용하여, 전체 슬라이드를 염색한 후 이미지를 스캔합니다. 형광 이미지를 가이드로 삼아, morphology 특이적인 영역을 ROI (region of interest) 와 AOI (area of illumination) 로 지정하여, profiling 할 영역을 지정합니다. Illumina 플랫폼 혹은 nCounter 시스템을 이용하여 DSP barcode를 분석하여, 특정 위치에서의 RNA 및 protein 의 발현량을 정량화 합니다. 이후 GeoMx DSP 분석 시스템을 사용하여, 데이터를 분석하고 export 합니다.